Piņķu Jāņa evaņģēliski luteriskās draudzes vēsture iesniedzas senos laikos, kas saistīti ar kristīgās ticības pirmsākumiem mūsu zemē. Apkārt Babītes ezeram atradās 4 kapelas: Sv. Bērtuļa kapela (Bartolomeja kapela, atradās pie Ķīšiem) un Sv. Jāņa kapela (atradās Jāņragā iepretim Slokai), sv.Nikolaja kapela Piņķos un sv.Annas kapela Babītes ezera krastā. To pirmsākumi precīzi nav zināmi, taču iespējams šīs kapelas izveidoja un arī apkalpoja cisterciešu mūki no sv.Nikolaja klostera, kurš atradās Daugavgrīvā. Klosteri 1202.gadā dibināja bīskaps Alberts, tā rakstīts Indriķa hronikā. Tāpēc iespējams Piņķu baznīca nosaukta sv.Nikolaja - jūrasbraucēju patrona vārdā.
1916. gada 17. jūlija rītā 5. Zemgales latviešu strēlnieku bataljons ceļā uz Smārdes iecirkņa fronti, kur gatavojās ievērojams krievu armijas uzbrukums, iegriezās Piņķu muižā. Pulkvedis Jukums Vācietis, bataljona komandieris, noturēja Piņķu sv.Nikolaja baznīcā savu slaveno dievkalpojumu.
Dzejnieks Aleksandrs Čaks par Piņķu baznīcu grāmatā "Mūžības skartie" rakstījis balādi "Sprediķis Piņķu baznīcā", kas veltīta varonīgajiem strēlniekiem 1. Pasaules karā, 5. Zemgales pulkam un pulkvedim Jukumam Vācietim. Atmodas laikā pie baznīcas atklāts piemiņas akmens veltīts šim notikumam.
1919.gada 23.maijā pie Piņķiem tiek izcīnīta nozīmīga uzvara Rīgas atbrīvošanas kaujās. Par godu šī notikuma 20 gadu atcerei 1939.gada 23.maijā pēc tālaika Valsts un ministru prezidenta Kārļa Ulmaņa iniciatīvas draudze un baznīca iegūst sv.Jāņa vārdu.