Neišaiškintas skaičius partizanų palaikų. Partizaninio karo 1944-1953 m. Kupiškio apylinkėse žuvusieji, nužudyti partizanai priešų represinių struktūrų buvo pakasami aplink Varležerį, daugiausia Š ir P pusėse, sumetami į patį ežerą. Į Kultūros vertybių registrą jau įrašytas iš ežero dar XX a. 6-tame deš. ištrauktų ir pakrantėje palaidotų partizanų kapas (KVR u. k. 21160), esantis Varležerio Š pusėje, Aukštupėnų k. Partizanus slapčia palaidojo gyventojai ir patys partizanai. Varležerio P pusėje, Ežerėlio gatvės vietovėje, visame tame kvartale, buvusioje kunigo žemėje, žvyrynuose, liudytojų teigimu, statant namus, garažus, pasitaikydavo partizanų palaikų kaulų. 1990 m. tiesiant vandentiekį Ežerėlio g. rasti ir 1991 m. ekshumuoti 6 neišaiškintų asmenų partizanų palaikai. 1997 m. tiesiant vandentiekį surasti, ekshumuoti dar vieno partizano palaikai. Rastieji partizanų palaikai palaidoti Kupiškio kapinėse. 1948-06-03 Miliūnų k., Aukštupėnų vlsč, Kupiškio aps. žuvę partizanai: Vytauto apygardos Liūto rinktinės Algimanto kuopos švietimo ir propagandos skyriaus viršininko Vincento Deksnio-Ramūnio ir Šarūno rinktinės partizano Vlado Dapšio-Balandžio kūnai buvo niekinti Kupiškio miesto aikštėje, vėliau užkasti šiose žvyrduobėse. Šie palaikai partizano V. Dapšio sesers Onos Dapšytės ir kitų padėjėjų slapčia iškasti ir palaidoti Kupiškio m. kapinėse (Partizanų kapas, KVR u. k. 42621). Partizaninio karo įvairiu laiku šiose žvyrduobėse užkastų kitų žuvusių ir nužudytų partizanų skaičius, asmenys neišaiškinti.